Các đảo trên Vịnh Hạ Long chủ yếu là đảo đá vôi được hình thành cách đây trên 500 triệu năm, tập trung ở khu vực phía Đông Nam và Tây Nam ; một số đảo phiến thạch phân bố rải rác chủ yếu ở khu vực Đông Nam với độ cao trung bình từ 50 - 200m được phủ lớp thực vật phong phú, đa dạng. Ẩn giấu trong những hòn đảo đá là hệ thống hang động vô cùng phong phú với măng, nhũ đá có quy mô, hình dáng, màu sắc đa dạng, huyền ảo… Một số hang động còn chứa đựng các dấu tích của người Tiền sử Hạ Long đang là điểm hấp dẫn khách tham quan như : Đầu Gỗ, Bồ Nâu, Sửng Sốt, Soi Nhụ, Thiên Long, Mê Cung, Tam Cung.