Chùa Kim Liên có từ thế kỷ 17, được dựng trên dải đất của làng Nghi Tàm, bên bờ hồ Tây, nay thuộc phường Nghi Tàm, quận Tây Hồ. Tương truyền nơi dựng chùa là nền cũ của cung Từ Hoa có từ đời Lý. Nguyên công chúa Từ Hoa, con gái vua Lý Thần Tông (thế kỷ 12) đã đem cung nữ tới khu vực này trồng dâu, nuôi tằm, mở ra trại Tàm Tang.
Trại này sau đổi tên là phường Nghi Tàm. Theo tấm bia hiện còn trong chùa do Bùi Huy Cận soạn năm 1868 thì chùa vốn có tên là Đại Bi, do vợ chồng ông Nguyễn Thế Hựu là người phường này xuất tiền xây dựng vào năm 1631. Bảy năm sau, nhân dân góp công để mở rộng thêm khu chùa. Đến năm 1771, chúa Trịnh Sâm sai bọn Huy Đĩnh dỡ chùa Bảo Lâm ở phía tây kinh thành về tu bổ lại chùa này và đổi tên chùa là Kim Liên như ngày nay.
Diện mạo chùa như hiện nay là do lần trùng tu vào năm 1792 với bố cục theo kiểu chữ "tam", gồm ba nếp, mỗi nếp có hai tầng mái, kiểu trồng diêm. Các đầu đao cong vút, mềm mại. Trong chùa có một pho tượng quý khiến giới sử học hết sức quan tâm đó là pho tượng có hình dạng như một người trung niên, râu ba chòm, mình mặc áo cà sa, tay là cầm hốt, đầu lại đội mũ miện. Có thuyết bảo đó là tượng chúa Trịnh Giang hoặc chúa Trịnh Sâm. Nhưng cũng có người cho rằng đó là tượng của một vị hòa thượng coi giữ chùa nguyên là nội thị trong phủ chúa Trịnh. Ngoài pho tượng này (có cách đây hơn hai trăm năm), ở gian giữa chùa có bức hoành phi "Hoằng Ẩn) (có nghĩa là: Đạo lý sâu sắc và rộng rãi) làm vào năm 1870. Còn hoành phi "Liên hoa hải hội" (có nghĩa là: Cảnh sum vầy vui đẹp ở nước Phật) thì mới được làm năm 1930.
Nguồn tin: báo Lao Động
