Được xây dựa lưng vào núi Bái Đính, nhìn ra hồ Đầm Thị ở phía bắc và xa hơn nữa là sông Hoàng Long.
Đứng ở sân chùa nhìn ra bốn bề là cảnh sông nước và núi đá vôi rất hữu tình, mang nét đặc trưng hiếm có của vùng Gia Viễn (Ninh Bình). Chùa không chỉ là nơi thờ Phật tổ và Chúa Thượng Ngàn mà còn gắn với lễ tế cờ khi vua Quang Trung ra Thăng Long đại phá quân nhà Thanh. Chùa Bái Đính cổ được phát hiện bởi đức thánh Nguyễn Minh Không (1065 – 1141) là người đã biến các hang động thành chùa khi đến đây tìm cây thuốc chữa bệnh hóa hổ cho vua Lý Thần Tông. Dự án xây dựng chùa Bái Đính thành một khu chùa có quy mô lớn nhất Việt Nam, sẽ hoàn thành vào năm 2010 để phục vụ đại lễ 1000 năm Hoa Lư – Thăng Long – Hà Nội. Đây sẽ là trung tâm của Phật giáo Việt Nam và trở thành khu văn hóa tâm linh với nhiều kỷ lục Việt Nam và khu vực.